אגף החינוך מלווה את כל מערכות החינוך במועצה - החל ממעונות היום, עבור בגני הילדים, בתי הספר היסודיים ובתי הספר העל יסודיים ועד למסגרות החינוך המיוחד ומסגרות החינוך המשולב.

באחריות האגף נמצאים מוסדות חינוך רבים, ובהם:
  • 81 גני ילדים
  • 10 בתי ספר יסודיים (9 ממלכתיים ואחד ממ"ד)
  • 4 בתי ספר על יסודיים (כולל בית ספר לחינוך מיוחד) 
  • 11 מסגרות חינוך וכפרי נוער שאינם בבעלות המועצה, אך פועלים בממשק ובשיתוף עם האגף.
סך הכל מתחנכים במוסדות החינוך אשר בבעלות המועצה 10,896 ילדים.
סך הכל מתחנכים במוסדות החינוך בעמק חפר 12,716 ילדים.

תחומי העיסוק הבולטים של האגף: 

  • שירות פסיכולוגי לכל הגילאים
  • פיקוח סדיר במוסדות החינוך
  • שילוב נוער במסגרות חינוך מתאימות
  • קשר עם ועדי הורים
  • מפגשים עם פורום מנהלי בתי ספר
  • מפגשים עם גננות וסייעות
  • חוגי העשרה לנוער שוחר מדע
  • פעילות העשרה למחוננים
  • קשר עם מוסדות חוץ
  • פיתוח יוזמות חינוכיות
  • טיפול בפניות פרטניות של הורים
  • השמה לחינוך מיוחד
  • ליווי ותמיכה במוסדות החינוך
  • טיפוח מנהיגות החינוך (מנהלי/ת בתי הספר)